วัดชัยพฤกษมาลาสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2300 ตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา จนช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์กลายเป็นวัดร้าง โดยในช่วงสร้างกรุงรัตนโกสินทร์ในรัชกาลที่ 1 ได้โปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอพระองค์ใหญ่ (ร.3) รื้ออิฐวัดชัยพฤกษ์ไปสร้างกำแพงพระนครส่วนที่พระองค์ทรงเป็นนายด้าน (ควบคุมงาน) จนในรัชสมัยรัชกาลที่ 2 โปรดให้ปฏิสังขรณ์วัดชัยพฤกษ์ขึ้นใหม่เป็นการทดแทนวัดเดิมที่ถูกรื้อ โดยมีพระราชดำริให้พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวก่อนทรงผนวช เป็นแม่กองดำเนินการสร้างวัดชัยพฤกษ์ จนในสมัยรัชกาลที่ 3 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกวัดชัยพฤกษ์เข้าในบัญชีพระอารามกฐินหลวงพระราชทาน และโปรดให้พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะทรงพระผนวช เสด็จฯ มาทรงจุดเทียนพรรษาและถวายพระกฐินทุกปี

วัดนี้มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์และศิลปกรรม เป็นแหล่งเรียนรู้ทางวัฒนธรรมที่สำคัญของกรุงเทพมหานคร